I do remember that we talked about it in our recording a while ago: codeforthought.buzzsprout.com/1326658/epis...

Training biologists in Unix command-line skills: From curriculum to interactive online tutorials As the generation of data in the life and health sciences expands rapidly, there is a growing need for professionals and students in these fields to master core bioinformatics skills, particularly tho...

From @robert.bio @helenechiapello.bsky.social @mthomaschollier.bsky.social & col. in @plos.org #Computational #Biology | Training biologists in #Unix command-line skills: From curriculum to interactive online tutorials|#Education #OpenEducationalResources | 🖥️ 🧪
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journals.plos.org/ploscompbiol...

Trying some procedural animation for #molstar. Not real in any sense but intended to convey dynamics.

github.com/molstar/mols...

We are happy to welcome Thibault Tubiana @ttubiana.bsky.social from I2BC @univparissaclay.bsky.social for the SCAN seminar series of the Chemistry Department of @upcite.bsky.social. « Molecular modelling, homo-oligomerisation and membrane interactions of hepatitis E pORF1 replication polyprotein »

EVoC is a library designed specifically for fast clustering of high dimensional embedding vectors. It can produce high quality clusters extremely efficiently, and requires little to no hyperparameter tuning.
Better clustering than UMAP + HDBSCAN; faster clustering than KMeans.

📢 🧬🚀Vous êtes #biologiste et vous souhaitez vous initier à l’analyse des données de #sequençage ? L’@ifb-elixir-fr.bsky.social , l’@inserm.fr et l’@inrae-france.bsky.social organisent une formation sur les méthodes d’analyse des données #NGS du 15 au 20 novembre 2026 à @abims.bsky.social

📢 2 minutes de votre temps pour nous aider à comprendre : grist.numerique.gouv.fr/o/docs/forms...

🧐 Baisse du nombre d'offres d'emploi (post-doctorants, ingénieurs, permanents ou temporaires) en 2025.

🫵 Besoin de vous pour comprendre les raisons de cette diminution via ce sondage : grist.numerique.gouv.fr/o/docs/forms...

📎 Bilan plus détaillé : www.sfbi.fr/blog/article...

Join us for a 90-minute interactive webinar and explore the LUMEN Data Mesh to learn how to overcome disciplinary boundaries.

30th April 2026, 10-11:30 CEST

Register here: maxweberstiftung.zoom-x.de/meeting/register/7pFrLm5...


Register here:

Vous faites partie du SCD d'un établissement #ESR et vous souhaitez faciliter l'accès à vos collections numériques via #ClickAndRead ? Alors rejoignez-nous au C@fé #Renatis de demain !

Registration is open for the #CCPBioSim Annual Conference, 6-8 July, Bristol, UK!

See: www.ccpbiosim.ac.uk/bristol2026

Delighted to be hosting the conference @bristoluni.bsky.social, with the theme "Biomolecular simulation across scales, for understanding and design"

#compchem
#compbio
#biodesign

Looking forward welcoming next week all the participants of the CECAM workshop organized with @sonyahanson.bsky.social , Celia Plisson-Chastang, and @bonomimax.bsky.social at the Museum of Toulouse

Full program: www.cecam.org/workshop-det...

“ActiveTigger is an open-source software designed to support collaborative text annotation for computational social sciences.” via @emilienschultz www.css.cnrs.fr/active-tigger/ #BERT #IA

One of the most common pieces of feedback from JupyterLite users is that it isn’t clear whether a file is server-provided or stored in the browser.

Currently exploring ways to fix this with an improved UX. What do people think?

Y a-t-il plus de nombres qui commencent par 1 que par 9 ? - Élise Janvresse YouTube video by VideoDiMath

Y a-t-il plus de nombres qui commencent par 1 que de nombres qui commencent par 9 ?

youtube.com/shorts/tBZFW...

INGÉNIEUR·E DE RECHERCHE : MODÈLES GÉNÉRATIFS PROFONDS POUR L'IMAGERIE SATELLITAIRE - CDD 12 MOIS Famille: Recherche et Enseignement Type de contrat : CDD lié à convention Catégorie: A Lieu de travail : Champs-sur-Marne Réf. 20260313-1590

📢 Je recrute : ingé ou postdoc (12 mois)

➡️ www.ign.fr/nous-rejoind...

Venez entraîner des grands modèles génératifs pour le bien commun :
🗺️ données ouvertes (images aériennes/satellites)
🏞️ application au suivi du changement climatique et à la gestion des catastrophes naturelles

#lastig #ign

✅Première séance avec les #doctorants #shs lyonnais pour le cycle Isidoct printanier de la @bibdiderotlyon.bsky.social .
Bases de données, moteurs requêtes, #IA et semantic search, et outils du chercheur avec #ClickandRead @cnrs-inist.bsky.social désormais fonctionnel 👍🤩🥳 !
#openscience #formations

les discussions sur les LLM que je vois passer ici ce matin me font repenser à cette vieille boutade de Roy Tennant, qui a longtemps travaillé à l'OCLC :
"Only librarians like to search, Everyone else likes to find."
Je crois que ça n'a jamais été aussi vrai

I had a great time at Uni Copenhagen giving a talk about How Generative AI impacts Bio-Image Data Science this week. You find my slides online and a recording will be shared soon!
doi.org/10.5281/zeno...

Big thanks to @danishbioimaging.bsky.social, @claraprats.bsky.social and team for hosting me!

N'hésitez pas à utiliser l'excellent moteur de recherche
sciences.re/postes/

As far as I can tell, uv doesn't have a command to automatically upgrade a pinned version of a package to the latest version.

What do you do to work around this issue?

#Python #uv

🦋🇪🇺 Eurosky (ou tout PDS alternatif), comment ? Pourquoi ?

Un petit fil pour s'y retrouver ⬇️

Introducing notebook.link: The Future of Notebook Sharing Reimagining how you share, collaborate, and run Jupyter notebooks — all in your browser.

🧪 Awesome announcement from the @quantstack.bsky.social team! Introducing notebook.link, share your computational notebook and have them run directly in the browser with no setup, powered by Jupyterlite and the xeus stack.

#datascience #scientificcomputing

Question ESR : est-ce que si on est enseignant-chercheurs, les "chefs" (directeur-trice de labo ou department / UFR, président-es d'université, et autres élus) sont nos "supérieur hiérarchique" ?

The Dynamic Lives of Intrinsically Disordered Proteins Shapeshifting proteins challenge a long-standing maxim in biology.

Very nice article by Danielle Gerhard in The Scientist on

“The Dynamic Lives of Intrinsically Disordered Proteins”

with quotes from Gabi Heller, @alexholehouse.bsky.social and myself about our shared love of and fascination with these proteins

www.the-scientist.com/the-dynamic-...

Webinar at EMBL-EBI: Advanced programmatic access to UniProt using Python. 5 March 2026. 15:00-16:00 GMT

Speaker's name, role, and affiliation, with a headshot. Emily Bowler-Barnett, Senior Scientific Curator, EMBL-EBI. Aurelien Luciani, Project Leader, EMBL-EBI.

Join us next week for a webinar on programmatic access to UniProt using Python. The webinar will focus on worked examples, with time for a Q&A at the end.

Registration is free but essential: www.ebi.ac.uk/training/eve...

📌 Le réseau MERIT et la @sfbi.fr lancent une #enquête sur les conditions de travail des bioinformaticiens.nes

📎 lnkd.in/e-hsQ-Ta

⏳ temps estimé : 20 minutes
📅 date limite de réponse : 31/03/2026

On compte sur vous pour y participer !

Logo MERIT SFBI

📌 Enquête MERIT-SFBI sur les conditions de travail des bioinformaticien·ne·s dans les instituts de recherche, universités, établissements d’enseignement et recherche, secteur associatif ou privé

📎 framaforms.org/enquete-meri...

⏳ temps estimé : 20 minutes
📅 date limite de réponse : 31/03/2026

Un sujet dont on ne parle pas assez... la reproductibilité en recherche !

#VeilleESR

INTERVIEW Sarah Cohen-Boulakia Professeure à l’Université Paris-Saclay et bioinformaticienne, Sarah Cohen-Boulakia est co-fondatrice du Réseau Reproductibilité et milite pour plus de transparence dans la diffusion des productions scientifiques.

Est-il simple de reproduire des résultats publiés ? Absolument pas et ce n’est pas nouveau. En tant que scientifique, nous avons tous expérimenté au moins une fois cette impossibilité, la plupart du temps par manque d’information. Il est même parfois impossible de reproduire nos propres résultats quelques mois plus tard… Nous sommes donc dans une vraie crise : une part importante des publications ne sont pas reproductibles (...)

🟢 Publier moins... mais mieux ?

Peut-être avez-vous déjà essayé de répliquer des travaux... Cette semaine, Sarah Cohen-Boulakia vous parle de reproductibilité. Son secret : la transparence

themeta.news/sarah-cohen-...

#VeilleESR #Reproductibilité @i4replication.bsky.social