そもそも貧栄養化が水産資源減少の原因という十分な証拠がない。「貧栄養原因仮説は、今より貧栄養だった江戸時代より今の方が水産資源が貧弱なことを説明できない」という言説の方が説得力を感じる。

沿岸生態系に流れる栄養塩をふやせば、水産対象種の生産性があがるだろうってストーリーが出てきて、物質循環からの原理的にはまあ、そうなんだろうけど。

食物連鎖での餌となる中間段階の植物プランクトンや動物プランクトンの生産量を増やす方に、うまいこと栄養塩が割り当てられる状況でない限り、アウトプットの増加(水産対象種のバイオマス)にはつながらないのではと思ってる

Robert Trivers Obituary | John J. Fox Funeral Home Inc | Larchmont, NY View Robert Trivers's complete obituary, share memories, and explore 12 tribute posts from the community.

Trivers亡くなられたのか……　ご冥福をお祈りいたします
jjffh.com/tribute/deta...

Genome‐Wide Analysis Successfully Resolves Population Structure Shaped by Recent Divergence in the Endangered Bagrid Catfish Pseudobagrus ichikawai Using genome-wide SNP data, we revealed previously undetected population structure in the endangered bagrid catfish Pseudobagrus ichikawai. Our results suggest that past paleo-river systems shaped th...

論文が出版されました！　ネコギギの遺伝的集団構造とその成立過程をゲノムワイドデータを用いて推定した研究です。
ネコギギは伊勢湾・三河湾周辺の河川の中・上流部にのみ分布し，生息地改変で絶滅の危機に瀕する地域集団を多く抱える淡水魚ですが，遺伝的多様性の低さのため，地域集団間の関係はほとんど分かっていませんでした。
この研究では，ゲノムワイドデータを用いることで本種の詳細な遺伝的集団構造を明らかにしました。現在のネコギギの遺伝的集団構造は，最終氷期に伊勢湾・三河湾の湾部に存在した古水系による河川の連結を強く反映していることも明らかになりました。
doi.org/10.1002/ece3...

個体数を減らしたファイルを、作って計算しなおしかなあ。まあ、明日くらいまで待って落ちてたら考えよう

全ゲノム解析で組み換え率推定の計算を試しているけど、Nが大きくてメモリ足りず計算が完了しなさそうな気配

具体的には、10列100-10000行くらいのエクセルファイルに記入されている文字列の羅列から、ざっと眺めて重要ポイ情報だけをえいやっと主観的に抽出してくるといった作業を想定

活字中毒なのであまり意識したことなかったけど、大量の文字列の羅列を読んで処理して、用語の出現頻度や関連をおおざっぱに類推したり、差分を検出したりする、というまさに生成AIがやってそうな作業、これももしかして、向いてる人と向いてない人での個人差が大きかったりするんだろうか？

あれこれ建て増した解析結果、メインの結果だけに絞って削り込みたいのだけど、削り過ぎないようにしないとなあ。

朝起きたら、リジェクトのメールが来ていたので、再投稿の戦略をまた練らないといけないなあ。

これはいわゆる Me too. というやつで、ポスドク＋任期付研究員でタスクがほぼ固定している間に通り過ぎてしまったわけである。年齢や学位取得後期間ではなく採択回数ベースで初心者枠にしてほしい。

研究費の若手枠で出せる年齢は、プロジェクト雇用で人の立てた計画を実装する作業やってたら通り過ぎてしまったな。

ゲノム多様性解析 Amazon.co.jp: ゲノム多様性解析 : 藤本明洋: Japanese Books

自由集会ではありがとうございました！数年前、ラボのセミナーで説明用にまとめた資料があったはずで掘り返してみます。

ゲノム解析全般の初学者の入門向けだと下記書籍も参考になると思いましたが、分析ツールの組み合わせや注意点などの情報まで整理できると良いかなと思いました。ぜひ一緒になんかやりましょう

www.amazon.co.jp/dp/4627261713

沖縄に着いたが外気温21℃だそう。京都との温度差による暑熱ストレスつらい

昨夜帰宅後に39℃の高熱が出て倒れこみました。おそらくラボで流行しているインフルです。昨日接触した方、大変申し訳ありません。

会場規模が大きいと、詳しく話を聞いてみたいと思っていた発表の人は、何人かは会場で遭遇できなくて時間切れになってしまった

魚類の核ゲノムで交雑シナリオの分析をする発表、かなり多くなってるようなのでシナリオ探索する流れとかステップごとの解釈上の注意点とか整理した日本語記事をまとめると需要あるかも？

沖縄に戻るため京都駅から出発

口頭発表が終わった流れでそのまま飲みに移行して、学会場のクロークに預けたスーツケース回収を完全に忘れてた。

関係者の皆様、申し訳ありません

今日は、スズキ目からスズキが追い出されてスズキ目でなくなった件について、学生と不満を語り合うことができたので満足。

#ESJ73 京大会場、口頭発表の部屋は聴衆に対して狭い傾向があるっぽいぞ。みんな、3人掛けの机の真ん中の列もちゃんと使おう。ふりむいて立ち見が多かったら、端っこの人は積極的に真ん中席に入ろう。立ち見スペースも狭いから、座席使用率を高くすることが混雑緩和のために必要だ。

生態学会、よく考えたらもう今日から発表はじまってるんよな

気のせいかもだけど，4:3のスクリーンに16:9を映すより，16:9のモニターに4:3で映す方が大きさ等マシに思えている。

はい、まさしくそんな感じです

生成AIが進化した未来では、論文作成や図表はすべてAI生成で、人類の研究者に残された研究作業とは、16:9 <-> 4:3 にスライド変換して見栄えを調整するとか、参考文献のスタイルを整えることだけなのだ！！

みたいなディストピアがやってきそう・・・

発表スライド、最近の資料は全部4:3ではなく、16:9で作ってた。
やり直すの面倒くさいがバランス調整するかあ・・・

ESJ73口頭発表のプレゼンスライドは4:3だって！？？16:9で用意してしまったよ！！！

生態学会の参加費がやや高めの設定になってるのは、会場になるハコの大きさの問題もあるだろうけど、ハイブリッド開催を維持するところで費用かかってるんだろうなあ。

コロナ禍が終わって、オンサイト形式に揺り戻したときに学会ごとのレギュレーションもバラバラになったので、ルールの把握が追い付かない・・・

生態学会、名札を事前印刷というのは記載あったけどネームホルダーも配布ないなら記載しておいてほしかったなあ

仕方ないから学会行くまでにコンビニかどっかで探して買うか