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Posts by Denis Chrétien

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What Physical ‘Life Force’ Turns Biology’s Wheels? | Quanta Magazine The bacterial flagellar motor is finally understood after 50 years. In its workings, columnist Natalie Wolchover finds the essence of life.

A powerful electrical motor propels bacteria in virtually every gut and puddle on Earth. After 50 years, it has finally been understood. @nattyover.bsky.social reports: www.quantamagazine.org/what-physica...

1 day ago 60 32 1 7

Stunning 😍, congrats!!!

1 week ago 2 0 0 0
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The cartwheel was first visualized ~70 years ago in the symbiont Trichonympha in the wood termite gut. We’ve discovered the cartwheel’s secret: a unique zigzag stacking of SAS-6 tetramers that facilitates the iconic 9-fold symmetry of cilia.

#cellbiology #teamtomo #SAS6 #cartwheel

1 week ago 49 13 2 0

Beautiful work 😍

1 week ago 3 0 0 0
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a man with a white wig and beard is standing in front of a sign that says " wise words " ALT: a man with a white wig and beard is standing in front of a sign that says " wise words "
1 week ago 1 0 0 0

This concept is based on one GTP analogue (GMPCPP), and a GTP hydrolysis deficient recombinant version. But most other GTP/GDP-Pi analogues induce a compacted state of tubulin (GTPgS, BeF3-, AlF3-) similar to that of GDP-tubulin in microtubules.
Let's humbly recognise that this issue remains 'open'.

1 week ago 4 0 0 1

A very nice study showing that there is no obvious relationship between tubulin compaction/expansion state and its nucleotide state.
Indeed, there is no experimental data demonstrating that GTP-tubulin is expanded in the GTP-cap at microtubule growing ends.

1 week ago 8 2 1 0
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I am excited to share our most recent work collaborating with @centriolelab.bsky.social and @stearnslab.bsky.social to look at the ciliary base of mammalian multiciliated cells w/ cryo-ET, XL/MS, and U-ExM www.biorxiv.org/content/10.6...

1 week ago 125 62 3 7
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Opening of our JEOL Cryo-ARM 200, 2 April 2026 :-)
Don't hesitate to get in touch with us if you want nice cryo-EM and/or cryo-ET data !
biosit.univ-rennes.fr/en/tem2c
#cryo-EM #microtubule

2 weeks ago 7 1 0 0
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Likely a Mona Lisa cell line

2 weeks ago 2 0 0 0
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Identification and structural characterization of anthrax toxin receptor 2 as the Clostridium perfringens NetF receptor - Nature Communications This study identifies ANTXR2 as the cellular receptor for Clostridium perfringens toxin NetF and determines its structure bound to the toxin using cryo-EM, revealing a distinct lateral binding mechani...

New paper in Nature Communications: we identified ANTXR2 (CMG2) as the cellular receptor for C. perfringens NetF toxin, causing hemorrhagic enteritis in dogs and foals. ANTXR2 was previously known as the receptor for anthrax toxin PA. doi.org/10.1038/s414...

3 weeks ago 6 4 1 0
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Julia Mahamid, Ph.D. – Gottfried Wilhelm Leibniz Prizewinner 2026

Congratulations to Dr. Julia Mahamid on receiving the 2026 Gottfried Wilhelm Leibniz Prize! 🎉

Her pioneering work in cryo-ET is reshaping our understanding of how molecular architecture drives cellular processes and disease.

#teamtomo #LeibnizPrize #StructuralBiology #LifeSciences #Innovation

4 weeks ago 61 11 0 0
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Excited to share our work on the structure and function of cytoplasmic lattices within mouse embryos. A collaborative effort with @niakanlab.bsky.social and work led by @kashishsingh.bsky.social and @inaharasimov.bsky.social . It is now out on BioRxiv: www.biorxiv.org/content/10.6...

4 weeks ago 190 77 6 9

Exciting programme 😍

Discover the C- and D-type lateral interactions, a hallmark of tubulin in the GTP-sate, by Matthieu Benoit 🤔

4 weeks ago 0 0 0 1
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The abstract deadline for our Motors and Filaments Meeting is approaching fast - 1st March. We have plenty slots for 15/10min talks and 3min flash talks to allocate. Thanks to generous support from @embo.org and @biologists.bsky.social, we can offer sustainable travel bursaries and a free livestream

1 month ago 8 4 2 0
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Microtubule end stabilisation by cooperative oligomers of Ska and Ndc80 complexes - The EMBO Journal During mitosis, properly aligned chromosomes stabilise microtubule ends with the help of kinetochores to ensure timely segregation of chromosomes. Microtubule-binding components of the human outer kin...

Happy to see the first paper from the lab published in the EMBO J today: link.springer.com/article/10.1...

In it, we reconstitute self-assembling cooperative oligomers of human Ndc80 and Ska kinetochore complexes that stabilise microtubule ends, and study these samples using cryoET and TIRF

1 month ago 75 26 3 2
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Cordula Reuther, Paula Santos-Otte, Stefan Diez and colleagues find that microtubule lattice defects facilitate spastin-mediated severing.
journals.biologists.com/jcs/article/...
#OpenAccess #ReadandPublish

1 month ago 20 7 2 2
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Microtubule association induces a Mg-free apo-like ADP pre-release conformation in kinesin-1 that is unaffected by its autoinhibitory tail - Nature Communications Kinesin-1 utilizes ATP-driven conformational changes to transport vital intracellular cargoes along microtubules. The authors use cryo-EM to reveal a missing structural transition state of the kinesin...

Excited to see our @natcomms.nature.com paper out! #Cryo-EM reveals a #microtubule stimulated ADP-release transition state of #kinesin 1. The auto-inhibitory tail has no affect on motor domain conformations. Focussed subunit processing helps! #cryoEM #microtubules

www.nature.com/articles/s41...

9 months ago 12 4 1 1
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Microtubules: from atoms to complex systems

Microtubules: from atoms to complex systems www.embl.org/about/info/c...
Deadline extended to 18 March
See you there :-)
#microtubules

1 month ago 1 1 0 0
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Join #EMBOCryoEM to get a comprehensive foundation in advanced single-particle and cellular tomography techniques – we'll cover the entire workflow from sample preparation to data collection and image processing.

https://s.embl.org/cry26-01-bl
Apply by: 11 May 2026
@embo.org

1 month ago 22 16 0 1
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🚨Preprint! Happy to share the research from my PhD “Genome delivery of a contractile tailed phage and its superinfection exclusion mechanism”. We use cryoEM to study the genome ejection of the phage T4, revealing how the tape measure protein regulates the process.
www.biorxiv.org/content/10.6...

1 month ago 104 37 6 6
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Adaptations in Plasmodium tubulin determine distinct microtubule architectures, mechanics and drug susceptibility Nature Communications - Tubulin conservation presents a challenge to understanding microtubules’ diverse functions in eukaryotes. Here, the authors characterize the structures of P....

In vitro reconstitution is powerful: we can rebuild Plasmodium microtubule architectures from purified components and recapitulate what cells actually do 🤩

Thanks to an incredible team that made this possible 🙌 @carolynmoores1.bsky.social in particular

rdcu.be/e7eM2

1 month ago 26 9 0 1

Quelle mauvaise foi, il n'y a qu'à tourner la terre plate, mais néanmoins circulaire, pour obtenir une éclipse également circulaire et non linéaire 🤣

1 month ago 0 0 0 0

A cryo-EM processing pipeline for microtubules using CryoSPARC
www.biorxiv.org/content/10.6...
#CryoEM, #microtubule

1 month ago 3 1 0 0
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FOCUS PLATEFORME : La plateforme de Cryo-Microscopie Électronique I2BC accueille Heddy Soufari, ingénieur-chercheur CEA, pour renforcer le développement méthodologique en cryo-EM La plateforme conjointe de Cryo-Microscopie Électronique de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC, Gif-sur-Yvette, Institut Joliot, CEA, Saclay) et du Synchrotron SOLEIL renforce son expertise avec l’arrivée de Heddy Soufari, recruté en tant qu’ingénieur-chercheur CEA. Spécialisé en biologie structurale et en cryo-microscopie électronique (cryo-EM), il consacre l’essentiel de son activité au développement méthodologique et au soutien scientifique des utilisateurs régionaux et nationaux sur les sites de SOLEIL et de l’I2BC.   Docteur en biologie structurale de l’Université de Bordeaux, Heddy Soufari a orienté ses recherches vers la compréhension de la structure et de la dynamique des complexes macromoléculaires. Après un parcours académique entre la France et le Canada, il a acquis une solide expertise en cryo-microscopie électronique appliquée à l’étude de systèmes biologiques complexes. Il a notamment contribué à la caractérisation de ribosomes de mitochondries et de complexes protéiques chez différents modèles eucaryotes, avant de rejoindre la société NovAliX où il dirige le pôle Cryo-EM et met la microscopie au service du structure-based drug design (SBDD) sur des cibles thérapeutiques.   Depuis son recrutement au CEA en septembre 2024, il accompagne les chercheurs de l’I2BC et de la région dans leurs projets de cryo-EM, de la préparation d’échantillons à l’analyse des reconstructions tridimensionnelles. Il développe parallèlement une activité méthodologique centrée sur la cryo-tomographie électronique (cryo-ET) et l’imagerie corrélative cryo-CLEM, avec pour objectif d’étudier l’organisation et la dynamique de complexes macromoléculaires in situ. Sa vision scientifique repose sur une approche multi-échelle, allant de la molécule unique à la cellule entière, afin d’explorer la tridimensionnalité des systèmes biologiques dans toute leur complexité.   Avec l’arrivée d’Heddy Soufari, la plateforme renforce sa capacité à développer de nouvelles méthodologies et pipelines pour la tomographie cellulaire, l’analyse d’images 3D et la corrélation optique-électronique. Ces efforts visent à faire de la plateforme un pôle de référence pour la visualisation in situ des architectures cellulaires et des complexes macromoléculaires à haute résolution.   -> Contact : Stéphane Bressanelli (plt-cryoem@i2bc.paris-saclay.fr)   Plug In Labs Université Paris-Saclay : cliquer ICI   Envie de (re)lire leurs précédents FOCUS PLATEFORME ? 17 février 2020 FOCUS PLATEFORME : Des analyses par cryo-microscopie électronique révèlent les mécanismes d'auto-assemblage de l'α-synucléine, une protéine impliquée notamment dans la maladie de Parkinson 4 décembre 2023 FOCUS PLATEFORME : Un assemblage protéique à façon visualisé par cryo-microscopie électronique et reconstruction 3D   I2BC / Plateforme de cryo-microscopie électronique (CRYO-EM). La plateforme pour la cryo-microscopie électronique I2BC met à disposition une large gamme d’instruments et de services pour la biologie structurale : vitrification d’échantillons (Vitrobot, Leica GP2), microscope Tecnai Spirit (120 kV) pour les expériences préliminaires, microscopes de dernière génération Glacios (200 kV) pour les expériences à haute résolution, ainsi qu’un microscope confocal cryogénique Stellaris pour les approches corrélatives optique-électronique. La plateforme a la capacité de préparer et d’imager des échantillons biologiques de niveau de sécurité 2. Elle s’est associée au mésocentre de calcul Paris-Saclay pour l’hébergement des serveurs de stockage et d’analyse des images produites. La plateforme CryoEM de l’I2BC est associée à SOLEIL dans le cadre de la plateforme conjointe CryoEM@Paris-Saclay. Les images obtenues en cryo-microscopie électronique sur le microscope Glacios, ainsi que les moyens de calcul disponibles sur la plateforme, permettent le crible de grilles et la détermination de structures 3D à des résolutions dépassant fréquemment 3 Å et pouvant atteindre 2 Å. Ces premières structures permettent si nécessaire d'accéder aux microscopes plus puissants, notamment le Titan Krios G4 (300 kV) à SOLEIL, mais aussi les microscopes Titan Krios de l'ESRF, de l’IBS (Grenoble) ou de l'IGBMC (Strasbourg), menant aux résolutions atomiques. La plateforme CryoEM de l’I2BC permet aussi l'observation de complexes in situ (protéines à la surface d'organites purifiés ou de virus enveloppés, protéines membranaires reconstituées dans des liposomes...) par cryo-tomographie électronique. La plateforme accueille des projets issus de la recherche académique, institutionnelle et industrielle, et s’inscrit dans le réseau des infrastructures nationales en biologie structurale et intégrative (FRISBI). Ses missions couvrent la préparation d’échantillons, la collecte de données, le traitement d’images, la formation et l’accompagnement des utilisateurs. Cette plateforme fait partie du pôle des plateformes de Biologie Structurale de l'I2BC qui comprend six plateformes : cristallographie, RMN, CryoEM, mesures d'interactions macromoléculaires (PIM), expression de protéines recombinantes en systèmes eucaryotes (Prot-Ex) et sélection sur mesure de protéines artificielles comme ligands spécifiques de toute protéine d’intérêt (AlphaRep). D’autre part, les plateformes CryoEM, cristallographie, PIM et AlphaRep sont aujourd’hui labélisées IBISA sous la bannière BioStruct@UPSAY.   A propos de l’Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC - UMR 9198). L’I2BC est une Unité Mixte de Recherche (CEA, CNRS, Université Paris-Saclay), accueillant une soixantaine d’équipes de recherche et hébergeant 17 plateformes technologiques, réparties en 6 pôles. 2025 a aussi été une année clé pour l’I2BC : cette unité a fêté ses 10 ans !

FOCUS PLATEFORME : La plateforme de Cryo-Microscopie Électronique I2BC accueille Heddy Soufari, ingénieur-chercheur CEA, pour renforcer le développement méthodologique en cryo-EM

1 month ago 7 4 0 0
Rassemblement de fascistes à Nice

Rassemblement de fascistes à Nice

Fascistes avec des torches

Fascistes avec des torches

En ce moment à Nice, rassemblement de fascistes.
J'ai passé la journée à prévenir mes ami.e.s racisé.e.s et LGBTQIA+ de ne pas sortir. Une amie a été menacée par 6 hommes.
On se rend compte de la dinguerie ? ?? ?

2 months ago 1318 786 72 87
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GitHub - dchretien35/TubuleJ: TubuleJ is a plugin to ImageJ designed to analyze cryo-electron microscope images of fibers. The straightening part of TubuleJ can be used with various types of fibers, w... TubuleJ is a plugin to ImageJ designed to analyze cryo-electron microscope images of fibers. The straightening part of TubuleJ can be used with various types of fibers, while the FFT analysis and 3...

A new version of TubuleJ is available at github.com/dchretien35/...
It allows straightening of various kinds of fibers, and facilitates analysis of cryo-EM images of microtubules.
#CryoEM #microtubules

2 months ago 10 4 0 0
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PhD in Rennes! Study how OGG1 repairs oxidative DNA damage using advanced microscopy. Join Sébastien Huet’s team at IGDR (Oct 2026). Master’s in cell biology/biophysics? Apply: sebastien.huet@univ-rennes.fr #PhD #CancerResearch #Microscopy

2 months ago 4 2 0 0

This is absolutely gorgeous work from @helenfoster.bsky.social, @margotriggi.bsky.social, @gaiapigino.bsky.social and colleagues 🤩

#Chlamy cilia never cease to amaze!

2 months ago 10 3 1 0
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Expansion microscopy is possible for any lab with a basic microscope. It’s allowing biologists to observe cellular processes like never before. www.quantamagazine.org/expansion-mi...

2 months ago 23 3 1 0