poolfstat: Computing f-Statistics and Building Admixture Graphs Based on Allele Count or Pool-Seq Read Count Data Functions for the computation of F-, f- and D-statistics (e.g., Fst, hierarchical F-statistics, Patterson's F2, F3, F3*, F4 and D parameters) in population genomics studies from allele count or Pool-S...

For those interested, a new version (v3.1.0) of poolfstat is now on CRAN, including new functions and updates, new stats (Fh, Fd, FdM) implemented in sliding.windows.fstat; and a revised vignette.
[cran.r-project.org/web/packages/poolfstat/i...

Mass Die-Off of Western Monarch Butterflies Linked to Pesticides, Study Finds A new peer-reviewed study has linked pesticides as a likely cause to a mass die-off of Western monarch butterflies that occurred in 2024.   By Paige Bennett / 19 hours ago   image: A monarch butterfly in the butterfly pavilion at the Natural History Museum of Los Angeles County in Los Angeles, California on June 1, 2022. David Crane / MediaNews Group / Los Angeles Daily News via Getty Images    ------ ndé Une nouvelle étude évaluée par des pairs a établi un lien entre les pesticides et la mort massive de papillons monarques occidentaux survenue en 2024.   En janvier 2024, des les chercheuses et des chercheurs ont trouvé des centaines de papillons monarques morts ou mourants près du sanctuaire Pacific Grove Monarch Sanctuary en Californie, où les papillons monarques occidentaux hibernent généralement.   Comme l'a rapporté The Guardian, les chercheuses et les chercheurs ont constaté que les papillons présentaient des signes d'empoisonnement par des pesticides neurotoxiques, ce qui a conduit à des tests et analyses supplémentaires qui ont maintenant été publiés dans la revue Environmental Toxicology and Chemistry.   Traduit avec DeepL.com (version gratuite)   Pyrethroid insecticides implicated in mass mortality of monarch butterflies at an overwintering site in California | Environmental Toxicology and Chemistry | Published: 28 June 2025 - Corrected and typeset: 16 September 2025 https://academic.oup.com/etc/article/44/10/2716/8177160   Pyrethroid insecticides implicated in mass mortality of monarch butterflies at an overwintering site in California Open Access   Staci Cibotti, Michelle L Hladik, Emily May, Emma Pelton, Timothy A Bargar, Natalie Johnston, Aimee Code   ------   Les insecticides pyréthroïdes impliqués dans la mortalité massive des papillons monarques sur un site d'hivernage en Californie   Depuis les années 1980, les populations de papillons monarques (Danaus plexippus plexippus) ont diminué de 80 % à 95 % en Amérique du Nord. Bien que plusieurs études aient impliqué les pesticides comme facteur contribuant au déclin de leurs populations, notre compréhension des niveaux d'exposition des monarques dans la nature reste limitée.   En janvier 2024, un événement de mortalité massive près d'un site d'hivernage à Pacific Grove, en Californie, aux États-Unis, a permis d'analyser les résidus de pesticides présents dans les papillons monarques morts pendant l'hivernage. Dix papillons morts récemment ont été collectés et analysés à l'aide d'une chromatographie liquide et gazeuse couplée à une spectrométrie de masse en tandem. Nous avons identifié 15 pesticides et métabolites associés dans les papillons, dont huit insecticides (plus un métabolite associé), deux herbicides (plus deux métabolites associés) et deux fongicides.   En moyenne, chaque papillon monarque contenait sept pesticides, à l'exclusion des produits de transformation si le composé parent était également détecté. Il est à noter que trois insecticides pyréthroïdes - la bifenthrine, la cyperméthrine et la perméthrine - ont été systématiquement détectés à des doses égales ou proches de la dose létale de chaque produit chimique.   La bifenthrine et la cyperméthrine ont été trouvées dans tous les échantillons, tandis que la perméthrine était présente dans tous les échantillons sauf deux. Les concentrations moyennes de ces insecticides étaient de 451,9 ng/g de poids sec pour la bifenthrine, 646,9 ng/g de poids sec pour la cyperméthrine et 337,1 ng/g de poids sec pour la perméthrine.   Ces résultats démontrent la contamination par les pesticides des papillons monarques, y compris dans les zones urbaines, et soulignent les risques que les pesticides, en particulier les insecticides, font peser sur les populations de monarques. Des mesures supplémentaires pourraient être nécessaires pour protéger cette espèce contre l'exposition aux pesticides, en particulier à proximité des lieux de rassemblement, tels que les sites d'hivernage sur la côte californienne. Traduit avec DeepL.com (version gratuite)

Les insecticides pyréthroïdes impliqués dans la mortalité massive des papillons monarques sur un site d'hivernage en Californie : Une nouvelle étude évaluée par des pairs a établi un lien entre les pesticides et la mort massive de papillons monarques occidentaux survenue en 2024.

First paper from #TanguyMuller, PhD student in @cbgpmontpellier.bsky.social: Population genomics of incipient allochronic divergence in an infamous moth. #WGS #demography #inbreeding #mutation-load #genome-scan onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/...

We set out to investigate polygenic footprints of altitude adaptation in a moth species, but instead we uncovered a major selective sweep at genes often associated with insecticide resistance @prrnhd.bsky.social @schifanoalexandre.bsky.social @mgda76.bsky.social @cbgpmontpellier.bsky.social

Point évoqué : stratégie d'accompagnent. Il dit "moi comme mes prédécesseurs avons harcelé les universités et organismes en leur disant bandes de nuls déposez plus". Mais quelle stratégie! quel meneur! 😂

"a major extension of SLiM’s capabilities for simulating
multiple chromosomes" 😍

GAUTIER Mathieu / baypass public · GitLab GitLab Community Edition

For those interested: 🚀 BayPass v3.1 released!
🔹 Improved MCMC adaptive phase
🔹 Computation reduced >6X with default (recommended) options, while keeping similar accuracy
🔹 Plus other minor edits

📖 Details in the manual / changelog
🔗 Repo: forge.inrae.fr/mathieu.gaut...

@tanguy-muller.bsky.social‬

A Chromosome-Level Assembly of the Pine Processionary Moth (Thaume-topoea pityocampa) genome We present a chromosome-level genome assembly and annotation of the pine processionary moth, Thaumetopoea pityocampa (Lepidoptera: Notodontidae), a key forest pest that is a public health concern. The...

The first chromosome-scale genome assembly for the Pine Processionary Moth - Thaumetopoea pityocampa: 615.9 Mb long, 50 chromosomes, recombination rate from 1.98 to 11.6 cM/Mb between chromosomes, 49.1% of repeats, 12,898 gene models. @mgda76.bsky.social ‪@cbgpmontpellier.bsky.social‬

Population genomics of incipient allochronic divergence in the Pine Processionary Moth Allochronic divergence is a key evolutionary mechanism that can frequently lead to incipient speciation. Although theoretical models suggest that such divergence is notably facilitated by small popula...

Here we used population genomics to investigate a well-known case of allochronic divergence, reconstructing demographic history, assessing inbreeding and genetic load, and identifying loci associated with allochrony. @cbgpmontpellier.bsky.social

GAUTIER Mathieu / baypass public · GitLab ForgeMia

🚀 A new version of BayPass (v3.0) is now available for GEA/pGWAS analyses. This update brings support for Genotype-Likelihood data, hybrid datasets (allele counts and/or Pool-Seq and/or GL), or local-score computation (see updated manual).
🔗 forgemia.inra.fr/mathieu.gaut...

#BayPass #popgen

An OA review of the American cocoa pod borer, Carmenta foraseminis, an emerging 🐛 pest insect of cocoa🍫 in Peru and Colombia, published in #RESAgForestEnt by @cirad.bsky.social @phimresearch.bsky.social #PVBMT @inrae-france.bsky.social @cbgpmontpellier.bsky.social #CoopACCC #UNAS #Acopagro

Insectes, oiseaux, champignons, microbes… une étude prouve la nocivité des pesticides pour l’ensemble de la biodiversité | EntomoNews Chimique mac. Ces substances nuisent à de nombreuses espèces qu’elles ne sont pas censées cibler, démontre une étude majeure publiée dans la revue Nature Communication, jeudi. Une preuve supplémentair...

Les insecticides, herbicides & fongicides affectent un large éventail d'espèces non ciblées et peuvent être liés à la perte de biodiversité à l'échelle mondiale. Une synthèse de 1 705 études donne une preuve supplémentaire de leur rôle dans l’effondrement du vivant.
sco.lt/6CA0LQ
Vert & Nat. Commun.

Our genome assembly of Hylesia metabus published in Journal of Heredity. A collaboration between CBGP, PHIM, LEEISA, CNRGV, BIPAA IGEPP, SEAG, FUNDSALUD and MGX @cbgpmontpellier.bsky.social @phimresearch.bsky.social